Oş Devlet Üniversitesinin doktora bölümü 22 Ağustos 1991 tarihinde Kırgız SSC Halk Eğitimi Bakanlığının 399/1 sayılı emri ile kurulmuştur.
Kuruluşundan itibaren bölümün yöneticileri sırasıyla fizik ve matematik bilimleri doktoru, profesör K.O. Osmonaliev; filoloji bilimleri adayı, doçent S.A. Mamytov; felsefe bilimleri adayı, doçent J.M. Sulaymanov olmuştur. 2000 yılının Ekim ayından itibaren yapı yeniden düzenlenerek Bilim ve Doktora Bölümü oluşturulmuş ve bölümün yöneticiliğini filoloji bilimleri adayı, doçent V.K. Sabirova; fizik ve matematik bilimleri adayı, doçent M.Ch. Öskönbaev; kıdemli öğretim görevlisi M.M. Sadyrova; psikoloji bilimleri adayı, doçent A.Z. Zakirov ve fizik-matematik bilimleri adayı, doçent G.M. Anarbaeva 2023 yılının Ekim ayına kadar yürütmüştür.
Doktora programının açılmasından bu yana 1000’den fazla mezun verilmiş ve bunların 800’den fazlası doktora (kandidat) tezlerini başarıyla savunmuştur.
Uzun yıllar Bilim ve Doktora Bölümünü başarıyla yöneten doçent G.M. Anarbaeva’nın bilimsel ve pedagojik kadroların yetiştirilmesine yaptığı katkılar özellikle dikkat çekmektedir. Onun aktif çalışmaları sonucunda 2022 yılında üniversitenin doktora programına 15 bilim alanı ve 101 uzmanlık dalı için Kırgızistan’daki üniversiteler arasında ilklerden biri olarak Eğitim ve Bilim Bakanlığı tarafından lisans verilmiştir. Ayrıca onun girişimiyle 2014 yılından itibaren üniversitede her yıl düzenli olarak gerçekleştirilen “Öğrenci ve Bilimsel-Teknik İlerleme” adlı bölgesel öğrenci bilimsel konferansı geleneksel bir etkinlik haline gelmiştir.
Günümüzde Oş Devlet Üniversitesinde doktora programında yaklaşık 300 doktora öğrencisi eğitim almakta ve bilimsel araştırmalar yürütmektedir. Üniversitede doktora öğrencilerinin bilimsel danışmanlarının sayısı 115 bilim insanından oluşmaktadır. Bunların 110’u bilim doktoru ve profesör, 5’i ise bilim adayı ve doçenttir. Üniversite bünyesinden 45 bilim doktoru profesör ve 2 bilim adayı doçent doktora öğrencilerine danışmanlık yapmaktadır. Diğer üniversitelerden ve bilimsel kurumlardan ise 65 bilim doktoru profesör ve 3 bilim adayı doçent bilimsel danışman olarak görev almaktadır. Bu danışmanlar arasında tanınmış bilim insanları, Kırgızistan Ulusal Bilimler Akademisinin akademisyenleri ve muhabir üyeleri de bulunmaktadır.
Faaliyetlerin önemli bir yönü olarak uluslararası, ulusal ve bölgesel konferanslar, eğitim seminerleri ve yuvarlak masa toplantıları düzenli olarak gerçekleştirilmektedir. Bununla birlikte doktora öğrencileri ve genç araştırmacılar için “Bilimsel Araştırmaların Temelleri”, “Bilimsel Araştırma Metodolojisi”, “Bilimsel Faaliyetlerin Değerlendirilmesinde Yeni Kriterler”, “Web of Science ve Scopus sistemlerinde bilimsel yayın yapma” gibi konularda eğitim programları düzenlenmektedir. Ayrıca Genç Bilim İnsanları Okulunun üç günlük yaz eğitim seminerleri her yıl üniversitenin Ak-Buura dinlenme merkezinde gerçekleştirilmektedir.
Bunun yanı sıra öğrenci bilimsel araştırma faaliyetlerinin organizasyonu, yürütülmesi, izlenmesi ve koordinasyonu da yapılmaktadır. 2014 yılından bu yana doktora bölümü tarafından “Öğrenci ve Bilimsel-Teknik İlerleme” adlı bölgesel bilimsel-pratik konferans düzenli olarak gerçekleştirilmektedir ve konferans bildirileri “Oş Devlet Üniversitesi Bülteni” bilimsel dergisinin özel sayılarında yayımlanmaktadır.
Doktora bölümünün faaliyetleri, 2023–2026 yılları için “Oş Devlet Üniversitesinin Sürdürülebilir Kalkınma Modeli” stratejik gelişim programı çerçevesinde bilimsel faaliyetlerin geliştirilmesi ve uluslararası bilim alanına entegrasyon hedefleri doğrultusunda sistemli ve kapsamlı çalışmaların yürütülmesine yöneliktir.