Oş Devlet Üniversitesi ve Türkiye Diyanet Vakfı arasındaki anlaşma gereği açılan İlahiyat Fakültesi ilk mezunun 1998 senesinde vermiş, başarılı mezunlar yüksek lisans eğitimlerin Türkiye Cumhûriyeti’nin Ankara Üniversitesinde devam ettirmişler ve ilk yüksek lisans mezunu 2001 senesinde mezun olmuştur. Günümüz itibariyle otuza yakın öğrencimiz yüksek lisans programın bitirmiş, yirmi öğrencimiz de farklı alanlarda doktora eğitimlerin devam ettirmişleridir.
      2014-2015 eğitim ve öğretim yılından itibaren Kırgız Cumhûriyeti Eğitim Bakanlığınca 531600 «İlahiyat (theology)» bölümünden yüksek lisans programına göre uzmanları yetiştirme hakkı OşDÜ İlahiyat Fakültesine verilmiştir.
Yüksek lisans programın tamamlayanlar yüksek lisans derecesin almaya hak kazanırlar.

Yüksek lisans derecesin almaya hak kazananlar:
      • Lise, yüksek okul ve üniversitelerde din bilimleri, dinler tarihi, din psikolojisi vs. alanlarında ders verebilirler.
      • Emniyet ve güvenlik güçlerinde dinî anlayışlardan kaynaklanan yasa dışı yapılanmaların faaliyetlerin önlemek amacıyla kadrolu olarak çalışabilirler.
      • Siviltoplum kurumlarında ve medyada kendi alanında bilir kişi ya da değerlendirci konumunda faaliyette bulunabilir.
      • Araştırma merkezlerinde, matbaalarda, medyada editörlük görevini üstlenebilirler.
      • Dinle yakın irtibatı bulunan resmî ve sivil toplum kuruluşlarında (KC. Din İşleri Komisyonu, Kırgızistan Müslümanları Dinî İdaresi vs.) çalışabilirler.
      • Eğitimlerin başarılı bir şekilde tamamlayan öğrenciler doktora programlarına devam ede bilirler.
«İlahiyat» yüksek lisans programının koordinatörü Doç. Dr. Samagan MIRZAİBRAİMOV.Fakültenin evrak işlerinden sorumlusu Kauhar SOORANBAYEVA.