Научная библиотека Ошского Государственного университета активно и плодотворно функционирует с 1939 года со дня основания данного учебного заведения.

На основе постановления №1142 совета народных комиссаров Кыргызстана от 10 августа 1939 года была образована Ошская школа учителей, в 1951 году постановлением №1759 правительства СССР – Ошский Государственный педагогический институт, с 17 июня 1992 года согласно постановлению №202 президента КР был создан Ошский Государственный Университет.

Люди, руководящие и внесшие большой вклад в создание научной библиотеки университета: А.И. Федова, Ф.Х. Дауранова, К. Турсунова, А.В. Ильяева, М.Ю. Клебанова.

1947–1996 годы под руководством М.Ю. Клебановой фонд библиотеки был переписан в инвентарные журналы, были составлены алфавитные, системные и рабочие каталоги.

1996–2005 годы А. Г. Ибрагимова работала директором научной библиотеки. В эти годы фонд библиотеки пополнился учебниками, научно–методическими пособиями, диссертациями, словарями и другими книгами, общее количество, которых превысило 730 тысяч. Фонд библиотеки достиг 812661 единиц.

2005–2009 годы С. С. Токтомамбетова работала в качестве директора научной библиотеки.

2009–2011 годы научная библиотека университета находилась под руководством департамента инвестиции и новых технологий ОшГУ; она состояла из четырех центральных библиотек и трех отделений. Директором департамента был кандидат биологических наук, доцент Т. К. Эркебаев, затем департаментом руководил кандидат педагогических наук, доцент, депутат городского совета Т.А. Жоробеков.