2001-жылы «Физика, математика жана информациялык технологиялар» факультетинин курамындагы «Прикладдык математика жана информатика» кафедрасынын башчысы А.Сопуевдин сунушу жана ОшМУнун ректорунун 2001-жылдын 1-июнундагы №121-буйругу менен «Прикладдык математика жана информатика» кафедрасы үч кафедрага бөлүнгөн: «Прикладдык математика жана информатика», «Программалоо», «Жалпы информатика». «Прикладдык математика жана информатика» кафедрасынын башчысы болуп А.Сопуев өз ордунда калган, ал эми «Жалпы информатика» кафедрасынын башчылыгына - ф.-м.и.д., профессор К.А.Алымкулов, «Программалоо» кафедрасынын башчылыгына - ф.-м.и.к. А.О. Кыбыраев дайындалган. Программалоо кафедрасы 2002-жылы жаңы ачылган Компьютердик технологиялар факультетинин курамына өткөрүлгөн, ал эми 2006-жылы Математика жана информациялык технологиялар факультетинин курамына кошулган. 2007-2008-окуу жылынан баштап Программалоо кафедрасы Прикладдык жана компьютердик математика кафедрасы менен биригип, Программалоо кафедрасы деп аталган. 2020-жылдын 28-августунда математика жана информациялык технологиялар факультетинин Окумуштуулар кеңешинин жыйынынын негизинде “Программалоо” кафедрасынын аталышы “Информациялык системалар жана программалоо” болуп өзгөртүлгөн.

2004–жылдын 8–декабрында ОшМУнун ректорунун № 265-А буйругу менен Программалоо кафедрасынын базасында «Информациялык технологиялар жана автоматташтырылган системалар» деген жаңы кафедра түзүлгөн.

Программалоо кафедрасынын башчылыгына физика-математика илимдеринин кандидаты, доцент Жураев Абубакир Мухтарович дайындалган.

2005-2007- жылдары кафедраны физика-математика илимдеринин кандидаты, доцент Абдиманап Зияйдинович Пирматов жетектеген.

2007-2008-окуу жылынан баштап Программалоо кафедрасы Прикладдык жана компьютердик математика кафедрасы менен биригип, кафедранын башчылыгына физика-математика илимдеринин кандидаты, доцент Гүлжамал Маматовна Анарбаева дайындалган.

Кафедра математика жана информациялык технологиялар факультетинин курамында бул факультеттин ЭТАСПК, ИСТ, ИИБАС адистиктери үчүн бүтүрүүчү кафедра болуп, перспективдүү өнүгүүгө багыт алган.

2008-2009-окуу жылынан баштап Программалоо кафедрасынын башчылыгына физика-математика илимдеринин кандидаты, доцент Таалайбек Дүкөнбаевич Асылбеков дайындалган.

2011-2019-жылдарында Программалоо кафедрасынын башчысы кызмат ордунда физика-математика илимдеринин доктору, профессор Адахимжан Сопуевич Сопуев жетектеп келген.

2020-жылдын 5-сентябрынан баштап "Программалоо" кафедрасынын аталышы "Информациялык системалар жана программалоо" болуп өзгөрүлгөн жана кафедраны физика-математика илимдеринин кандидаты, доцент Аркабаев Нуркасым Кылычбекович жетектеген.

2021-жылдын 30-майынан тарта ф.-м.и.к., доцент Токторбаев Айбек Мамадалиевич келүүдө.

      Кафедранын өнүгүү программасынын максаттары жана маселелери
Программада ИСП кафедрасын 2021- 2026 жылдары ОшМУнун структуралык бөлүмү катары өнүктүрүү программасы берилген: окутуу процессин уюштуруу, аны нормативдик-укуктук жана методикалык документтер менен камсыздоо; илимий жана инновациялык изденүүлөрдү бекемдөө; билим берүү багыттарын аккредитациядан өткөрүү; иш берүүчүлөр менен байланышты күчөтүү; бүтүрүүчүлөрдү ишке жайгаштыруу.