В 2001 году по предложению заведующего кафедрой «Прикладная математика и информатика» факультета «Физики, математики и информационных технологий» Сопуева А.А. и по приказу ректора ОшГУ № 121 от 1 июня , 2001 г. кафедра «Прикладная математика и информатика» была разделена на три кафедры: «Прикладная математика и информатика», «Программирование», «Общая информатика». А. Сопуев остался заведующим кафедрой «Прикладная математика и информатика», а заведующий кафедрой «Общая информатика» - доктор, физико-математических наук, профессор Алымкулов К.А., заведующий кафедрой «Программирование» - кандидат, физико-математических наук, А.О.Кыбыраев был назначен. В 2002 году кафедра программирования была переведена во вновь открытый факультет компьютерных технологий. а в 2006 году поступил на факультет математики и информационных технологий. Начиная с 2007-2008 учебного года кафедра программирования объединилась с кафедрой прикладной и компьютерной математики и стала именоваться кафедрой программирования. 28 августа 2020 года на основании заседания Ученого совета факультета математики и информационных технологий название кафедры «Программирование» изменено на «Информационные системы и программирование».

8 декабря 2004 года на базе кафедры программирования приказом № 265-А ректора ОшГУ была создана новая кафедра под названием «Информационные технологии и автоматизированные системы».

Заведующим кафедрой программирования назначен кандидат физико-математических наук, доцент  Жураев Абубакир Мухтарович.

В 2005-2007 годах кафедру возглавлял кандидат физико-математических наук, доцент  Абдиманап Зияйдинович Пирматов .

Начиная с 2007-2008 учебного года кафедра программирования объединилась с кафедрой прикладной и компьютерной математики, заведующей кафедрой назначена кандидат физико-математических наук, доцент Гүлжамал Маматовна Анарбаева .

Кафедра стала выпускающей кафедрой по специальностям ЭТАСПК, ИСТ, ИИБА в составе факультета математики и информационных технологий и была ориентирована на перспективное развитие.

Начиная с 2008-2009 учебного года заведующим кафедрой программирования назначен Асылбеков Таалайбек Дуконбаевич , кандидат физико-математических наук, доцент.

В 2011-2019 годах заведующим кафедрой программирования руководил доктор физико-математических наук, профессор Адахимжан Сопуевич Сопуев .

С 5 сентября 2020 года название кафедры «Программирование» изменено на «Информационные системы и программирование» и кафедру возглавил кандидат физико-математических наук, доцент Аркабаев Нуркасым Кылычбекович .

С 30 мая 2021 года возглавляет кандидат физико-математических наук, доцент Токторбаев Айбек Мамадалиевич .

      Цели и вопросы программы развития кафедры
Программа развития кафедры ИСП как структурного подразделения ОшГУ на 2021-2026 годы приведена в программе: организация учебного процесса, обеспечение его нормативно-правовыми и методическими документами; усиление научных и инновационных исследований; Аккредитация образовательных направлений; усилить связь с работодателями; трудоустройство выпускников.